В статье рассматривается проблема реализации целей и задач инновационного развития экономики как национального приоритета, проводится анализ показателей инновационной деятельности организаций и предприятий за последние 10 лет. Особое внимание уделено проблеме квалификационного дисбаланса, представляющей собой существенный ограничитель достижения поставленных целей в краткосрочной и долгосрочной перспективе. Проведен сравнительный анализ компетентностных моделей инновационной экономики, позволяющих преодолеть квалификационный дисбаланс и выявлены противоречия, препятствующие формированию инновационных компетенций в системе высшего образования как составляющей национальной инновационной инфраструктуры.